1.什么是pri-miRNA，pre-miRNA，mature miRNA?
pri-miRNA(初级前体)：长度从几百到几千个碱基不等，带有5‘帽子和3’polyA尾巴，以及1到数个发夹径环结构。
pre-miRNA（前体）：pri-miRNA在核酸酶Drosha和其辅助因子Pasha的作用下被处理成70个核苷酸组成的前体。
mature miRNA（成熟体miRNA）：pre-miRNA经进一步经过DICER酶剪切，形成长度约为22个碱基的单链成熟miRNA。
2.什么是miRNA种子区（“seed”region）?
5’端2-8个碱基被称为种子序列
3.miRNA与miRNA靶标结合类型有哪些?
miRNA与miRNA靶标结合主要有两类：5'-dominant Site和3'-compensatory Site
5‘显性位点：满足经典种子区2-8完全互补结合的方式。
3’端补偿位点：5‘端并非满足2-8经典完全互补，知识部分互补，这样3‘端补偿位点结合，增强了miRNA与标靶结合稳定性。
4.miRNA命名与编号的方法和原则
1) miRNA(microRNA)成熟体命名规则(以动物miRNA为例)
①确定命名规则之前发现的miRNA(microRNA)，则保留原来名字，如hsa-let-7。
②miRNA(microRNA)成熟体简写成miR，再根据其物种名称，及被发现的先后顺序加上阿拉伯数字，如hsa-miR-122；
③高度同源的miRNA(microRNA)在数字后机上英文小写字母(a,b,c,…)，如hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c等；
④由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA(microRNA)，则在后面加上阿拉伯数字以示区分，如hsa-miR-199a-1和hsa-miR-199a-2；
⑤通常一个miRNA(microRNA)前体长度大约为70~80nt，很可能两个臂分别产生miRNA(microRNA)。
以前的做法是：
表达水平较高的miRNA(microRNA)后面不加任何符号，而表达水平较低的miRNA(microRNA)后面加上*号，如rno-miR-9*。有时带“*”的miRNA(microRNA)就根本不出现。
而如果没有明显的表达差异，则以“-5p”和“-3p”分别命名。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p，分别表明从hsa-mir-26b前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。
在以前的命名中，有时也会以“-s”和“-as”来命名，但现在已经取消了这种命名方式。
注意：miRBase新版本对miRNA(microRNA)成熟体的名称进行了大量的修改，很多带“*”的miRNA(microRNA)都变成了“-5p”或“-3p”。当然，新名称下面对应有其原来的名称。
2) miRNA编号及名称(以动物miRNA为例)
miRBase记录了miRNA(microRNA)前体序列及miRNA成熟体序列，其中：
① miRNA(microRNA)前体
发夹状结构的miRNA(microRNA)前体转录本以“mir”命名，其编号以“MI”编号，如人的miRNA 122的前体ID为hsa-mir-122，Accession为MI0000442。
大约20～23nt的miRNA(microRNA)成熟体以“miR”命名，其编号以“MIMAT”编号，如人的miR-122有两个成熟体，其中之一ID为hsa-miR-122-5p ，Accession为 MIMAT0000421;另一个为ID为hsa-miR-122-3p ，Accession为 MIMAT000 4590。
3) 不同物种命名方式差别
①动物：
miRNA(microRNA)前体：以动物物种缩写+“-”+ mir+“-”+命名顺序，如hsa-mir-122；
miRNA(microRNA)成熟链：以动物物种缩写+“-”+ miR+“-”+命名顺序，如hsa-miR-122-5p；
②植物：
miRNA(microRNA)前体：以植物物种缩写+“-”+ MIR+命名顺序，如ath-MIR156a。注意：MIR是大写，并与命名顺序之间没有“-”；
miRNA(microRNA)成熟链：以植物物种缩写+“-”+ miR+命名顺序，如ath-miR156a。注意：miR是小写，并与命名顺序之间没有“-”；
③ 病毒：
miRNA(microRNA)前体：以病毒物种缩写+“-”+ mir+命名顺序，如bhv1-mir-B1；
miRNA(microRNA)成熟链：以病毒物种缩写+“-”+ miR+命名顺序，如bhv1-miR-B1。
5.miRNA预测方法
Diana-microT, TargetScanS和miRanda三种软件预测方法
预测没有绝对正确，按照软件评分为准。
6.miRNA作用机制中降解或抑制？
miRNA降解mRNA：通过完全配对，降解mRNA抑制蛋白，qRT-PCR检测mRNA，WB检测蛋白都呈现明显的下调。
抑制mRNA翻译：通过部分配对，通过抑制翻译抑制蛋白，qRT-PCR检测mRNA没有变化，WB检测蛋白呈现明显下调。
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