1.什么是pri-miRNA,pre-miRNA,mature miRNA?
pri-miRNA(初级前体):长度从几百到几千个碱基不等,带有5‘帽子和3’polyA尾巴,以及1到数个发夹径环结构。
pre-miRNA(前体):pri-miRNA在核酸酶Drosha和其辅助因子Pasha的作用下被处理成70个核苷酸组成的前体。
mature miRNA(成熟体miRNA):pre-miRNA经进一步经过DICER酶剪切,形成长度约为22个碱基的单链成熟miRNA。
2.什么是miRNA种子区(“seed”region)?
5’端2-8个碱基被称为种子序列
3.miRNA与miRNA靶标结合类型有哪些?
miRNA与miRNA靶标结合主要有两类:5'-dominant Site和3'-compensatory Site
5‘显性位点:满足经典种子区2-8完全互补结合的方式。
3’端补偿位点:5‘端并非满足2-8经典完全互补,知识部分互补,这样3‘端补偿位点结合,增强了miRNA与标靶结合稳定性。
4.miRNA命名与编号的方法和原则
1) miRNA(microRNA)成熟体命名规则(以动物miRNA为例)
①确定命名规则之前发现的miRNA(microRNA),则保留原来名字,如hsa-let-7。
②miRNA(microRNA)成熟体简写成miR,再根据其物种名称,及被发现的先后顺序加上阿拉伯数字,如hsa-miR-122;
③高度同源的miRNA(microRNA)在数字后机上英文小写字母(a,b,c,…),如hsa-miR-34a,hsa-miR-34b,hsa-miR-34c等;
④由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA(microRNA),则在后面加上阿拉伯数字以示区分,如hsa-miR-199a-1和hsa-miR-199a-2;
⑤通常一个miRNA(microRNA)前体长度大约为70~80nt,很可能两个臂分别产生miRNA(microRNA)。
以前的做法是:
表达水平较高的miRNA(microRNA)后面不加任何符号,而表达水平较低的miRNA(microRNA)后面加上*号,如rno-miR-9*。有时带“*”的miRNA(microRNA)就根本不出现。
而如果没有明显的表达差异,则以“-5p”和“-3p”分别命名。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p,分别表明从hsa-mir-26b前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。
在以前的命名中,有时也会以“-s”和“-as”来命名,但现在已经取消了这种命名方式。
注意:miRBase新版本对miRNA(microRNA)成熟体的名称进行了大量的修改,很多带“*”的miRNA(microRNA)都变成了“-5p”或“-3p”。当然,新名称下面对应有其原来的名称。
2) miRNA编号及名称(以动物miRNA为例)
miRBase记录了miRNA(microRNA)前体序列及miRNA成熟体序列,其中:
① miRNA(microRNA)前体
发夹状结构的miRNA(microRNA)前体转录本以“mir”命名,其编号以“MI”编号,如人的miRNA 122的前体ID为hsa-mir-122,Accession为MI0000442。
大约20~23nt的miRNA(microRNA)成熟体以“miR”命名,其编号以“MIMAT”编号,如人的miR-122有两个成熟体,其中之一ID为hsa-miR-122-5p ,Accession为 MIMAT0000421;另一个为ID为hsa-miR-122-3p ,Accession为 MIMAT000 4590。
3) 不同物种命名方式差别
①动物:
miRNA(microRNA)前体:以动物物种缩写+“-”+ mir+“-”+命名顺序,如hsa-mir-122;
miRNA(microRNA)成熟链:以动物物种缩写+“-”+ miR+“-”+命名顺序,如hsa-miR-122-5p;
②植物:
miRNA(microRNA)前体:以植物物种缩写+“-”+ MIR+命名顺序,如ath-MIR156a。注意:MIR是大写,并与命名顺序之间没有“-”;
miRNA(microRNA)成熟链:以植物物种缩写+“-”+ miR+命名顺序,如ath-miR156a。注意:miR是小写,并与命名顺序之间没有“-”;
③ 病毒:
miRNA(microRNA)前体:以病毒物种缩写+“-”+ mir+命名顺序,如bhv1-mir-B1;
miRNA(microRNA)成熟链:以病毒物种缩写+“-”+ miR+命名顺序,如bhv1-miR-B1。
5.miRNA预测方法
Diana-microT, TargetScanS和miRanda三种软件预测方法
预测没有绝对正确,按照软件评分为准。
6.miRNA作用机制中降解或抑制?
miRNA降解mRNA:通过完全配对,降解mRNA抑制蛋白,qRT-PCR检测mRNA,WB检测蛋白都呈现明显的下调。
抑制mRNA翻译:通过部分配对,通过抑制翻译抑制蛋白,qRT-PCR检测mRNA没有变化,WB检测蛋白呈现明显下调。
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